Les coûts engendrés par tout essai thérapeutique doivent être pris en charge par le promoteur de l'essai. Cependant, il est possible, en accord avec le promoteur, de confier la prise en charge des coûts de l'essai à une tierce personne qui sera le responsable financier de la recherche. Lorsque l'essai se déroule dans un centre hospitalier, le budget de l'essai doit être établi en concertation avec la direction de l'hôpital et correspond au remboursement à l'hôpital des surcoûts engendrés par l'essai par rapport à la prise en charge habituelle des soins apportés aux patients. Ce surcoût de l'essai sera très clairement différencié du coût des soins que le patient aurait de toutes façons reçu s'il n'avait pas été inclus dans l'essai thérapeutique.
De même, du fait d'une surveillance plus soutenue dans le cadre d'un protocole de l'essai (fréquence des visites et des bilans de suivi), les frais de déplacement sont à la charge du promoteur de l'essai.