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Le projet Décrypthon

Décrypthon est un projet qui utilise les ressources du calcul distribué pour contribuer à la recherche médicale.

Le programme Décrypthon - formé de la contraction des mots « décrypter » et « Téléthon » -  est le fruit d'un partenariat entre l'AFM-Téléthon, et deux acteurs majeurs de la recherche et de la technologie, IBM et le CNRS. Décrypthon est un projet qui utilisait les ressources du calcul distribué pour contribuer à la recherche médicale.

Décrypthon

Lors du Téléthon 2001, l’AFM et IBM lancent un appel à la mobilisation des internautes : « Mettez à la disposition de la recherche la puissance inutilisée de votre PC ». Objectif : réaliser la première cartographie du protéome : l'ensemble des protéines/molécules produites par les cellules. 

Ce véritable défi scientifique, technologique et humain est alors relevé avec brio : 75 000 internautes mobilisés, des milliards de calculs complexes effectués, 550 000 protéines du monde vivant cartographiées. C’est une véritable bibliothèque de comparaison des protéines des différentes espèces du monde vivant (animal, végétal, humain). Elle contient près de 2,2 millions de fichiers répartis en 17 000 répertoires.

Un projet de Titan réalisé en moins de 2 mois 

Chaque ordinateur a contribué à hauteur d’environ 133 heures, soit plus de 10 millions d’heures de calcul au total.  21 serveurs IBM ont hébergé l’ensemble des solutions et des données pendant toute la durée de l’opération. Il aurait fallu plus de 1 170 années pour le réaliser à l’aide d’un seul ordinateur. 

« Décrypthon, c’est une aventure humaine et scientifique, généreuse et formidable. Faire la chasse au gaspi en offrant la puissance de son ordinateur pour aider la recherche, ça ne coûte rien à chacun et ça rapporte beaucoup à tous. J'espère que les internautes seront bien plus de 150 000 pour ce projet 2009. Si un seul PC aujourd’hui faisait ce calcul, il faudrait 18 millénaires pour l’accomplir. Là, peut-être qu’en une année ça sera fait ! » Thierry Lhermitte, parrain du téléthon 1996 et de Décrypthon.

Le projet prend de l'ampleur 

Forte de ce succès, l’AFM a lancé courant 2003 un appel d’offres pour promouvoir l'utilisation de cette base de connaissances. Quatre projets ont été retenus :

  • Un projet a été proposé par deux équipes du Département des Sciences de la Vie du CEA de Saclay en association avec A. Poupon, du CNRS, laboratoire de génomique structurelle de la levure de l’université d’Orsay. Ce projet visait à étudier les relations entre la structure et les fonctions des protéines qui réduisent les risques d'anomalies génétiques chez l'homme et la levure.

Puis trois équipes de l’IGBMC d’Illkirch, J. Laporte et J.-L. Mandel, A. Pujol et J.-L. Mandel, G. Bey, F. Sirockin, F. Plevwniak et O. Poch ont proposé trois projets de complexité croissante :

  • Un premier projet concernait l’identification et la caractérisation de protéines impliquées dans plusieurs maladies neuromusculaires, ainsi que la prédiction des domaines protéiques et des fonctions tissu-spécifiques ;
  • Un second projet a consisté à l’analyse des protéines d’un organite cellulaire, le peroxysome, qui est impliqué dans de nombreuses fonctions métaboliques essentielles ;
  • Le troisième projet, à l’échelle d’un organisme, consistait à l’identification de nouvelles cibles thérapeutiques potentielles chez Vibrio cholerae et les organismes Diabac (Diarrhoeal Bacteria) impliqués dans les pathologies diarrhéiques.

Deux projets ont également été sélectionnés en 2003/2004. Le but était de démontrer la faisabilité d'un programme disposant de sa propre grille de calcul avant de le mettre à la disposition de toutes les équipes, de mettre en place la grille, et d’en tester le fonctionnement. 

Ces deux projets ont été portés avec succès sur la grille et en bénéficient pour leurs calculs.

Devant le succès de ces deux projets, une convention est signée en mai 2004 entre l'AFM, le CNRS et IBM, officialisant le projet alors nommé Décrypthon basé sur une grille de serveurs fournis gracieusement par IBM à 6 universités partenaires. Au cours de cette période, 6 nouveaux projets ont été réalisés ou sont toujours en cours.